ISAPはAARを処理するものである。したがって、まず最新のpipelineにより最 新のAARが作成されていることを前提とする。
ISAPが正常にinstallされ、必要なパスが設定されていると、isap と打つことにより、ISAP GUI版が起動する。
ISAPの基本的な使い方は、必要なボタンを、マウスの左ボタンでクリックする ことにより、機能が選択されるというものである。ただし、グラフのなかで データを選択する際にのみ、マウスの右ボタンを用いる。