Read Data.. から FITS Data を選ぶことにより、fits 形式のAAR files (LWSの場合は、lsan*.fits)が読みこまれる。ISAP は fits files 以外にも、IDL形式 のXDR files も扱うことができる。
一方、データの保存に関しては注意が必要である。 解析途中のデータは自動的には保存されないのである。ユーザーの責任で、必 要な場所で必要な保存を行わなければならない。 具体的には、必要な場所で、右上の store ボタンを押すことによりメモリー上に保存される。さらに、左下の Stored data sets... から write to disk を選ぶことにより、はじめて disk 上 に保存される。
また、メモリー上に保存されたデータは、左下のStored data sets...から Make prime を選ぶことにより、いつでも再利用(解析を途中からやり直す時など)す ることができる。